Descripción general:

Cronología y estilo: Gótico s. XIV-Neoclasicismo s. XVIII.
Edificio de sillería de una nave de tres tramos, crucero, presbiterio y cabecera ochavada de cinco paños. Los arcos son apuntados, exceptuando los dos arcos perpiñanos de la cabecera, y el arco rebajado del coro alto. En la cabecera los apoyos son columnas adosadas a pilastras con capitel octogonal liso. En el resto, son pilares cruciformes con triples columnas adosadas. Las bóvedas de la cabecera, el presbiterio y los brazos son de crucería simple, mientras que las del crucero y la nave son de terceletes. El último tramo, correspondiente con el coro, se cubre con bóveda de cañón apuntada.
Es un edificio planeado en el siglo XIV para ser de nave y crucero, y quizá triple cabecera. A finales del siglo y comienzos del XV se edificaron el ábside, presbiterio, capilla del Evangelio (norte) y parte del resto. La nave es plenamente del siglo XV, no se terminaría de abovedar hasta el siglo XVI con el crucero, se finaliza la capilla del Evangelio y el coro alto. Sabemos que hay obras en 1503 y 1524 para adecuar las nuevas bóvedas a los pilares antiguos. En 1537 encontramos al frente de las obras al maestre Fernando. La capilla del lado de la Epístola, y la comunicación de ambas, es obra de Juanes de Huequel y Juan Elgorriaga hacia 1573. La sacristía data de 1544. Mientras que la sacristía nueva y la torre son ya del siglo XVIII.
Portadas:
Portada de medio punto a los pies (oeste). Portada en el lado norte del crucero de seis arquivoltas apuntadas baquetonadas, con restos de haber tenido pórtico y decoración pictórica. Hay otra cegada en el brazo sur del crucero.

Brazo sur:
Retablo de banco y cuerpo, rococó de la segunda mitad del siglo XVIII, con imágenes de tamaño natural de Cristo Yacente gótico del siglo XIV repintado, y articulado. Crucificado titular, rococó de la segunda mitad del siglo XVIII.
Capilla baja cubierta con crucería sencilla, cuyo arco triunfal es apuntado doblado sobre columnas pareadas con capiteles de atlantes y columna única hacia los rincones. Retablo de banco, cuerpo de tres calles y ático, obra de Diego de Ichaso a mediados del siglo XVIII. Imágenes coetáneas de San Antón y San Antonio de Padua (San Ignacio desaparecido), cuatro brazos relicario (falta uno, el resto guardados en la sacristía por seguridad), romanistas de finales del siglo XVI, e imagen de la Virgen del Rosario, clasicista de la primera mitad del siglo XVII. Sagrario en templete de un cuerpo, rococó de mediados del XVIII.

Brazo norte:
Capilla baja cubierta con crucería sencilla sobre ménsulas. Retablo con banco, cuerpo y ático de arquitectura clasicista, rehecho en rococó, del XVII y XVIII, con sagrario en templete clasicista del XVII. Imagen titular de San Juan Bautista, repintado, clasicista de mediados del XVII, San Francisco de Asís y San José coetáneos, Virgen del Rosario, romanista de finales del s. XVI.

Retablo de un cuerpo y ático con tres calles, rococó de la segunda mitad del siglo XVIII con imagen coetánea de Santo Obispo. Imagen procesional de la Virgen Dolorosa, imagen moderna de San Isidro y coronando la Virgen del Pilar.
Retablos crucero:
Lado Evangelio: Retablo de banco, cuerpo y ático en tres calles, de arquitectura romanista, con relieves en banco de Oración en el Huerto, Camino del Calvario, Piedad; en segundo cuerpo imágenes de Santa Lucía y Santa Catalina de Alejandría y relieve titular de la Santísima Trinidad, en cuerpo alto imágenes de dos profetas (uno desaparecido) y la Transfiguración del Señor. Corona Cristo resucitado. Obra de Francisco de Arteaga hacia 1575, policromado en 1576 por Miguel de Salazar y Gonzalo de Medina.

Lado epístola: Retablo en templete de banco, cuerpo y ático en tres calles, de arquitectura manierista y romanista. En el banco, pintura en tabla de la Última Cena y relieve de San Juan Evangelista en el Huerto de los Olivos (uno robado antes de la restauración), en el cuerpo titulares San Pedro y San Pablo, San Agustín y San Mamés; en ático Ecce Homo y relieves de San Jorge y San Esteban. Corona angelote. El cuerpo bajo es obra de Guillermo de Faleza hacia 1560 y el alto de Francisco de Arteaga hacia 1575. Policromía de Miguel de Salazar y Gonzalo de Medina hacia 1575.
Pila bautismal:

Único vestigio del monasterio de San Juan (dependiente de Santa María la Real de Nájera). Pila en copa gallonada con friso de roleos sobre columna entorchada con cabezas e inscripción. Fruto de un taller que quizá estuvo ubicando en Santo Domingo de la Calzada o quizás en el propio Grañón, donde se estaba construyendo la población.
MATRIS PECATU[M] NOBIS AB ORIGINE NATUM HOC EST ABLATU[M] PENITUS Q[UO]Q[UE] FONTE FUGATU[M] HOC FONTE LAVETUR. QUI VIVI[T] VIVIFICETUR V[ITIUS] E[ST] SACRI MUNDATIO PLENA LAVACRI QUOD Q[UI] RENUERIT [FILIUS ERIT], E[RA] MCCXXXVII +
Este pecado, nacido en nosotros por nuestro origen materno, nos ha sido arrancado de raíz, ha sido ahuyentado en cualquier fuente. Que sea limpiado en esta fuente. Que el vicio que vive sea vivificado. El cambio del sagrado bautismo es pleno porque será hijo el que haya renegado. Era 1237 [año 1199] +
La inscripción alude al papel negativo de la mujer (Eva) por haber cometido el pecado original, que es precisamente el que será ahuyentado en la fuente bautismal, hace referencia al cambio o renacimiento a una nueva vida espiritual que se produce tras el Bautismo, el cual convierte al neófito en hijos de Dios al renegar del vicio y del pecado.
La fuente mide 1,12 m. de altura, 1,28 de diámetro, 0,65 m de altura del pie y 0,47 de la taza. El pie consta de un plinto cuadrangular (0,56 x 0,62 m), una basa ática con cuatro garras en las esquinas y un fuste entorchado helicoidalmente y ornamentado con cuatro cabezas masculinas barbadas, que pueden simbolizar a los cuatro Evangelistas, los cuatro ríos del paraíso, los elementos, …. La taza tiene gallones muy gruesos (simbolismo acuático de la venera) y está bordeada en la parte superior por una moldura con la inscripción y rematada por un friso de tallos casi circulares que encierran hojas carnosas simétricas de las que surgen otras de varios pétalos (símbolo paradisíaco de la vegetación).
Coro alto:

Sillería de dieciocho asientos, clasicista de mediados del siglo XVII, y facistol a juego con imagen de la Concepción coetánea.
Vidriera del peregrino de Santiago Villar (recientemente fallecido).
Sacristía.
Ternos de terciopelo rojo con cenefas de imaginería y grutestos, en la casulla San Pablo, San Andrés, Padre Eterno, Virgen con el Niño y Santa Ana, en las dalmáticas, Santiago, San Bartolomé, Santos Juanes, San Pedro, San Juan Evangelista, Santa Lucía y San Andrés, en la capa, dos santos obispos, San Pablo, San Andrés, Santiago, San Pedro y Concepción en capillo. La capa obra probable de Andrés de Extremiana hacia 1630, casulla y dalmáticas manieristas de la segunda mitad del siglo XVI.
Notas de : Juan Ibáñez Castro